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文件名称:CAUSA

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  • 上传时间:
    2011-12-19
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    63.92kb
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CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学(包括功能基因组学和比较基因组学)的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能,并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对(multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法,如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK,等等,但序列比对依然容易产生系统性偏差,导致进化分析错误,甚至造成基因、蛋白和基因组结构和功能信息的误读。 一直以来,DNA和蛋白序列比对是分开进行的。学者们认为与蛋白质序列相比,相应的DNA序列中系统发育信号消失的速度更快。因此一般在氨基酸序列水平进行比对和进化分析。近年来,最新研究表明用基于密码子的多序列比对(codon alignment, CA)能够构建更准确的分子进化树。但CA算法计算复杂度非常大,速度很慢,而且我们分析表明其错误率依然很大。 最近,我们提出了一种新的多序列比对和进化分析算法:密码子-氨基酸联合序列比对(Codon and amino acid unified sequence alignment, CAUSA)算法,将DNA和蛋白质序列组合成为“密码子-氨基酸联合序列”(Codon and amino acid unified sequences),并将其用于序列比对和进化分析。理论分析和实例证明,与通常的仅用核酸或蛋白序列的方法相比,CAUSA算法通过整合和挖掘分别埋藏在DNA和蛋白质序列中的信息,提高了多序列比对的准确度,比CA更加准确,避免了在系统发育分析中普遍发生的错误,而且计算速度大大加快。 CAUSA软件,最初被称为DNA+Pro (最新版本1.16),免费下载使用:
相关搜索: CAUSA

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压缩包 : DNAPlusPro-java-1.00-linux.tar.gz 列表
DNAPlusPro-java-1.00-linux/
DNAPlusPro-java-1.00-linux/CDP20-10-Gon250.txt
DNAPlusPro-java-1.00-linux/config.txt
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/test.txt
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/HIVENVDNA.fasta
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/HIVENVDNA.fasta.tmp
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/HIVENVDNA.fasta.dnd
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/HIVENVDNA.fasta.ph
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/HIVENVDNA.fasta.CombinedAlignment
DNAPlusPro-java-1.00-linux/example/HIVENVDNA.fasta.CombinedAlignment.fasta
DNAPlusPro-java-1.00-linux/dnapluspro.java
DNAPlusPro-java-1.00-linux/README.txt
DNAPlusPro-java-1.00-linux/dnapluspro.class

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