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搜索资源 - Multiple Sequence Alignment
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clustalw1.83.DOS.ZIP,用于多序列比对的软件，运行在DOS平台下-clustalw1.83.DOS.ZIP for multiple sequence alignment software run on the DOS platform
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clustalw1.83.XP,用于多序列比对的软件，运行在Windows平台下-clustalw1.83.XP for multiple sequence alignment software run on the Windows platform
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本程序是针对多序列比对问题，提出用模拟退火算法来处理。比较好地实现了比对算法，能够得到较好的结果-proceedings against the multiple sequence alignment, proposed using simulated annealing algorithm to handle. Better than the realization of the algorithm to achieve better results
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CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对（multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法，如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK，等等，但序列比对依然容易产生系统性
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经典生物信息学多序列比对工具clustalw，采用Feng-Dolittle渐进比对算法,Classic bioinformatics tools for multiple sequence alignment clustalw, using Feng-Dolittle progressive alignment algorithm
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这也是一款很好的多序列比对软件，在生物信息学的应用中很广泛-This is a very good multiple sequence alignment software, the application of bioinformatics is extensively
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unix,linux下编译。用于蛋白质，DNA序列比对，支持双序列或多序列比对。
-unix, linux under the compiler. For protein, DNA sequence alignment to support the dual-sequence or multiple sequence alignment right.
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Multiple Sequence Alignment Using Maximum Spanning Tree
生物信息学中一个重要topic：多序列联配。这里用最大生成树的思想来进行联配，算法为C语言实现。本程序在Dev-C++，Win Vista环境下实现。-Multiple Sequence Alignment Using Maximum Spanning Tree Bioinformatics an important topic: Multiple Sequence Alignme
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这是一个基于HMM 模型的生物多序列比对算法的linux实现版本。hmmer-This is a biological model based on HMM multiple sequence alignment algorithm to achieve the linux version. hmmer
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A multiple sequence alignment program
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多序列比对方法的一个研究，但是没有源代码！-Multiple sequence alignment of a research method, but no source code!
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基于免疫遗传算法的多重序列比对，但是不包含源程序！-Immune genetic algorithm based on multiple sequence alignment, but does not include the source!
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基于隐马尔可夫模型的并行多重序列比对，不包含源代码！-Hidden Markov Model-based multiple sequence alignment in parallel, and does not include source code!
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Java语言编写的生物信息学综合工具软件，它提供了一个统一的界面调用ncbi-blast、clustalw、几个phylip程序、chromtree和treeview 程序，还提供了多序列比对编辑等其他功能。需要安装Java环境、biojava 1.4p1，2.6M，及以上各个独立程序。-Written in Java language integrated bioinformatics tools, which provides a unified interface called ncbi-
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图形化多序列比对编辑器,能够读各种比对格式(MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE),可手动编辑队列。-Graphical multiple sequence alignment editor, able to read various alignment formats (MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE), you can manually edit the queue.
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基于WEB的常用序列分析工具集。可以用于多种序列比对分析！-WEB-based sequence analysis tools commonly used. Can be used for multiple sequence alignment analysis!
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This book provides the first unified, up-to-date, and tutorial-level overview of sequence
analysis methods, with particular emphasis on probabilistic modelling. Pairwise alignment,
hidden Markov models, multiple alignment, profile searches, RNA s
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MPI implementation of multiple sequence alignment.
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UGENE is a free cross-platform genome analysis suite.
Main features:
Multiple sequence alignment using MUSCLE 3,4 and KAlign
HMM profiles build and search, based on the source of HMMER 2 and HMMER 3
PCR Primers design using Primer 3
Pr
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多序列对齐，先用edit distance做打分矩阵，找到最相近的中心序列。然后用树状图做多序列对齐。-multiple sequence alignment， used edit distance and tree alignment。
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